Hiroki ruba il diario di Yumi e Ulrich lo trova. Nel frattempo, in un nuovo tentativo di liberare William dalle grinfie di XANA, Jeremy crea un programma per trovare William nel mare digitale. Quando carica il programma per la Skid, il sonar si rivela buggato, costringendo il gruppo a tornare su Lyoko. Quando i Kongre interrompono il loro ritorno, Yumi viene bloccata, e si perde nel mare digitale. Il tentativo di XANA di sfruttare questo allarma Jeremy, che dirige i suoi amici da Yumi. Dopo aver combattuto i Kongre e William, che ha la sua nave per viaggiare nel Mare Digitale, tornano sulla Terra. Per aiutare Hiroki a chiedere scusa a sua sorella maggiore, Ulrich restituisce segretamente il diario.